图片来源：ESM Metagenomic Atlas (CC BY 4.0)

据《自然》新闻（Nature news）报道，近日，Meta 公司开发的 ESMfold 模型预测了细菌、病毒和其他微生物的 6.17 亿种未知蛋白质结构。这些蛋白质结构与任何已知的结构都不同，不曾出现在实验确定的蛋白质结构数据库或 Alphafold 数据库中。相关论文已发布于bioRxiv 预印本网站。

与DeepMind公司的Alphafold相比，ESMfold模型大大提高了预测速度，仅2星期就完成了超6亿种蛋白质结构的预测（作为对比，Alphafold平均需要数分钟才能生成一个预测结果）。但ESMfold预测结果的准确性也饱受争议。今年 7 月，Alphafold2 发布了对 2.14 亿 个已知蛋白质三维结构的预测，其中35%的预测结果是高度准确的（达到了实验室测定的结构精度），80%的蛋白质结构可靠性足以用于后续研究。但根据META研究团队的论文，在ESMfold的 6.17 亿 个预测结果中，只有约三分之一被认为是“高置信”（high confience）的预测结果——研究者认为这些预测符合实际结构，且有时可以提供原子尺度的细节特征。一些科学家也提出，ESMFold 提供的数亿 个低置信度的预测结果存在很大问题，其中有些预测结果可能缺乏明确的结构，另一些可能属于被误判的非编码DNA。